Além do acervo definitivo excelente que conta a história do Brasil desde os sambaquis tão desconhecidos pela maior parte da população até a proclamação da República (após esse período, pouco é mencionado), eventualmente há outras mostras interessantes. Na Olimpíada, o museu transformou-se na casa temática do México, mas também ocorreram lá exposições como "Art Of Bricks", dos Legos, e "Diálogo no Escuro", simulando o dia a dia de um deficiente visual.
Vale lembrar que o próprio Museu é um prédio histórico. Ele foi construído para a Exposição de Centenário da Independência, em 1922, aproveitando parte da estrutura do Forte de São Tiago da Misericórdia, que ficava bem ali. Essa é a razão do trilho no chão do restaurante: ali era caminho por onde passavam munições de defesa da cidade (o Morro do Castelo era bem ali atrás).